محتوای مواد آلی در فاضلاب آبزی پروری به ویژه زیاد است و کیفیت آب فاضلاب آبزی پروری به شدت تغییر می کند، بنابراین تصفیه فاضلاب آبزی پروری دشوارتر است.
به طور کلی، ما اغلب از پلی آکریل آمید کاتیونی و پلی آلومینیوم کلرید برای تصفیه فاضلاب آبزی پروری استفاده می کنیم تا نه تنها اثر بهتری داشته باشد بلکه در هزینه عوامل تصفیه فاضلاب نیز صرفه جویی شود.
از طریق آزمایش قالب گیری، با استفاده از نوع خاصی از پلی آکریل آمید، به ویژه برای فاضلاب آبزی پروری.
از طریق ته نشینی لخته سازی ساده، اکثر ضایعات آلی موجود در فاضلاب آبزی پروری را می توان حذف کرد و نیتروژن آمونیاک COD در فاضلاب آبزی پروری را تا حد زیادی کاهش داد.
از طریق تصفیه بیوشیمیایی بعدی فرآیندهای بی هوازی، هوادهی و سایر فرآیندها، اساساً استاندارد تخلیه حاصل می شود. آب شفاف، بی رنگ و بی بو است که عمدتاً هزینه تصفیه و زمان تصفیه را کاهش می دهد که یک روش تصفیه قابل اجرا برای فاضلاب آبزی پروری است.